1、將顯微鏡放置在實驗室的水池或窗戶邊，潮濕和灰塵都對顯微鏡的極為不利，因放置的方士和地方選擇的不對，都會極大的縮減顯微鏡使用壽命。
2、顯微鏡初學者對其基本的原理和構造了結甚少，粗暴的操作也會是顯微鏡易損的致命傷。如：經常搬動，取放時用力過猛，調焦時過分用力升降調焦系統，不能正確的調結焦距和瞳孔距等等。
3、高倍鏡頭的工作距離通常都較短，如操作不當也會刮傷高倍鏡。如：操作者用完100X油鏡時不做任何清理，這樣對于鏡頭的損傷是極大的。
4、在轉換物鏡時，相當一部分操作者直接轉動物鏡頭，這樣的操作會影響光軸的同軸和齊焦。正確使用方法是輕輕轉動物鏡轉換器，轉到想要的觀察物鏡上面去。
5、將聚光鏡或視場光欄開得不合適，太大或者太小，還將其位置調整得過高或過低，都不能得到分辨率和銳利度最佳的顯微圖像。總之要用好顯微鏡得到最佳的顯微圖像，應多了解和觀察，這樣才能讓您成為微觀世界的高手。
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